18. mail 2020 jõustusid määruse muudatused. 

Muudatused on tingitud praktikas ilmnenud vajadustest ning on peamiselt tingitud riigi eriolukorrast, mis kehtestati 12.03.2020 seoses COVID-19 haigust põhjustava koroonaviiruse leviku tõkestamiseks.
Eriolukorra tõttu on paljud mitte esmavajalikud teenused ja asutused suletud, mistõttu ei ole võimalik toetatavaid tegevusi ellu viia või investeeringuid tähtajaliselt teha. Seetõttu muudetakse tegevuste elluviimine ja investeeringute tegemine paindlikumaks ning tähtaegu pikendatakse ühe aasta võrra. Samuti leevendatakse projektitoetuse saajale kehtestatud nõuet, mille kohaselt ei kontrollita 2020. aastal alates 12. märtsist maksetaotluse esitamisel tema maksuvõlga.
Lisaks on võimalik 2020. aastal kohalikul tegevusgrupil strateegiat ja rakenduskava muuta rohkem kui seni.

Muudetud määruse täistekst SIIN.